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Tutto il microbioma del mondo in una banca dati

novembre 6, 2017 • Paralleli, z in evidenza

 

di Marta Russo –

Si chiama Earth Microbiome Project, ed è una preziosissima banca dati del microbioma di tutto il nostro pianeta. Il progetto, nato dalla collaborazione di un team di ricercatori provenienti da University of California San Diego, Pacific Northwest National Laboratory, University of Chicago and Argonne National Laboratory, ha raccolto finora oltre 27mila campioni di comunità microbiche provenienti dai più disparati ambienti di tutto il globo, dall’acqua dolce all’acqua salata, fino ad arrivare al suolo della foresta pluviale. E proprio grazie all’analisi del microbioma che vive in ogni singolo campione, come si legge sulle pagine di Nature, i ricercatori sono riusciti a creare la prima banca dati di riferimento dei batteri che colonizzano il pianeta. E siamo solo all’inizio: l’elenco continuerà a crescere man mano che verranno aggiunti nuovi dati.

L’obiettivo del Earth Microbiome Project è proprio quello di identificare il maggior numero di comunità microbiche della Terra, per promuovere non solo una miglior comprensione scientifica dei microbi, ma anche di tutti i loro rapporti con gli ambienti in cui vivono, come piante, animali ed esseri umani.

Finora, questo difficile compito ha richiesto la collaborazione di scienziati provenienti da tutto il mondo: infatti, ad oggi il progetto ha coinvolto 7 continenti e 43 Paesi, dal Mar Artico verso l’Antartico, e più di 500 ricercatori hanno contribuito alla raccolta dei campioni e dei dati. “I microbi sono dappertutto e le potenziali applicazioni per questo database e le domande a cui ora possiamo rispondere sono praticamente illimitate”, spiega il fondatore del progetto, Rob Knight della San Diego School of Medicine.

“Per esempio, ora siamo in grado di identificare da che tipo di ambiente proviene un campione in più del 90% dei casi, solo conoscendo il suo microbioma”.

Per analizzare la diversità batterica tra i vari ambienti, sia geografici che chimici, il team di ricercatori ha sequenziato il gene 16S rRNA, un marcatore genetico specifico per i batteri e i loro parenti, archeobatteri. La sequenza 16S rRNA serve proprio come un codice a barre, ovvero permette di identificare i diversi tipi di batteri. E in questo primo set di dati, i ricercatori hanno identificato ben 300mila sequenze batteriche uniche di 16S rRNA.

Una delle prime curiosità emerse dai primi dati del progetto è quella di dimostrare quanto il contesto ambientale possa condizionare il microbioma: per esempio, i microbiomi della pelle dei cetacei (balene e delfini) e dei pesci sono più simili tra loro di quanto non lo siano con quello dell’acqua in cui nuotano. “Questi modelli ecologici globali offrono solo un assaggio di ciò che è possibile fare con un campionamento coordinato e cumulativo”, spiegano i ricercatori. “Questo progetto fornisce sia una risorsa per l’esplorazione di una miriade di questioni sia un punto di partenza per l’acquisizione di nuovi dati per riuscire a rispondere”.

Altre fonti: www.wired.it

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